Der Forschungsfonds unterscheidet zwischen den zwei folgenden Verfahren:

Im offenen Verfahren werden Forschungskreise öffentlich eingeladen, im Rahmen der Förderbereiche bei freier Themen- und Methodenwahl ein Unterstützungsgesuch für ein Forschungsprojekt einzureichen. Die Forschungskommission begutachtet die Gesuche und trifft abschliessend – unter Berücksichtigung der verfügbaren Förderbudgets – die jeweiligen Vergabeentscheide.

Im themenspezifischen Verfahren werden Forschungskreise öffentlich eingeladen, für einen von der Steuerungskommission festgelegten thematischen Förderschwerpunkt Forschungsprojekte einzureichen. Die Forschungskommission begutachtet die Gesuche und legt der Steuerungskommission die jeweiligen Vergabeanträge zur definitiven Genehmigung vor.